日本海关总署隶属于日本财务省海关总署，深圳出口买单报关当出口方没有出口权，或不想使用自己公司抬头名称的的出口单，《海关法》、《海关关税法》和《临时关税法》是日本海关关税政策和管理的基本法律规定，深圳出口报关首先考虑由没有自己的进出口权，如果没有进出权可以全权找一个代理报关公司帮你直接处理即可，

日本通过海关及关税局设1名局长，两名副局长。下设六个处（协调处、人教处、关政政策与法律处、执法处、海关通关处以及进行事后稽查、调查与情报处）、四个发展办公室（信息资源管理工作办公室、地方政府海关监察办公室、海关数据管理问题研究公司办公室、经济合作伙伴之间关系作为办公室）和两名顾问（国际社会组织设计顾问、国际会计事务与研究技术顾问）。各处处长、各办公室主任和两名顾问分管与海关行政成本管理和关税贸易政策因素有关的所有国家事务。截至2008财年，海关及关税局共有176名人员（此处系指总部相关人员）。

香港海关有三项职能:

(一)进口货物的进口关税、消费税和其他国内税(每年约5万日元，占日本年度税收的10%) ;

(2)管制货物流动，防止有害物质(如毒品、枪支和其他违禁品)走私进入日本;

(3)促进贸易便利化，协调国际贸易程序，促进世界经济增长和人民生活水平的提高。

　　海关及关税局的主要工作职责为：

　　（1）对关税、吨位税、特别吨位税以及一些其它海关企业管理工作事项可以进行分析调研、规划（包括与外国谈签关税协定）；

(二)决定和征收关税、吨税、特别吨税和国际货物消费税；

(三)依照海关法和其他有关法律规定，监督管理货物、船舶、飞机和旅客的进出口;

(四)保税区监管；

　　（5）向报关行和报关员发放以及报关企业许可,并对其进行社会监督工作管理；

(6)管理日本自动报关系统中心;

　　（7）编制海关统计数据；

(八)海关工作人员的教育培训;

(9)向海关、关税、外汇和其他贸易委员会提供支持。日本关区海关管理各地区海关事务，关区海关由关税局直接监管。

　　日本成为全国划分为研究东京、横滨、神户、大阪、名古屋、门司、长崎、函馆、冲绳九个关区（AREA），总人数8620人（截至2008财年）。各关区总部为总关（CUSTOM HOUSE），下辖企业若干分关（BRANCH OFFICE）及防卫站（GUARD POST）。总部作为长官将大部分工作职权进行授予分关主管部门处理不同地区经济事务。除冲绳关区外，各总关下设管理四个处，即协调处、执法处、通关处、事后监督稽查、调查与情报处。截至2008年7月，全国有68个分关，117个支关（SUB-BRANCH）以及9个防卫站。