(一)外商投资企业海关注册程序

外商投资企业经批准设立并依法取得营业执照的，应当到企业所在地主管海关办理企业登记备案手续(企业所在地海关没有海关的，应当通过该地主管海关)，深圳报关行和海关的关系：海关是进出口货物监管的部门，报关行只是将进出口的资料送至海关审批，获得进出口同意的一个关卡，登记时应提供下列资料:

1.外经贸部或其授权机构颁发的外商投资企业批准证书；2.营业执照；3.企业章程及有关主管部门的批准文件(外资企业只提供章程及其批准文件)；4 .其他相关资料(如项目建议书、可行性研究报告及其批复等，深圳报关公司是接受进出口货物收发货人的委托，以进出口货物收发货人名义或者以自己的名义，向海关办理代理报关业务，从事报关服务的境内企业法人，).经主管海关审核登记后，对资料齐全、合法有效的予以登记备案，并出具《外商投资企业资产登记手册》。

　　（二）进出口贸易货物的通关相关手续

外商投资企业除办理上述登记备案外，还应当按照海关关于报关单位的规定向主管海关申报单位办理登记手续。关于进出口货物通关的基本程序，请参阅本节第一部分，其中:

1.外商投资企业进口加工贸易项下货物时，应提供主管海关签发的登记手册；外商投资企业作为投资总额内进口的机器设备及零部件，应经国家检验检疫机构鉴定，在办理进口报关手续时，应提供中国检验检疫机构出具的《外商投资财产鉴定报检通知书》。

2.外商投资企业出口加工贸易类产品的，应当提供主管海关出具的《登记手册》 ; 出口属于采购非本企业生产的产品的，应当提供对外贸易经济合作主管部门的批准文件。

　　3.已在海关办理了登记备案的外商投资企业，其进口货物如能享受国家有关减免税优惠政策，应在货物进口前，填写企业盖章的免税申请表，到企业所在地主管海关办理进口减免税备案及审批手续。

　　(1)办理减免税应向海关提供具有以下主要材料：①项目进行审批部门出具的《国家通过鼓励学生发展的外资项目确认书》；②项目建设主管部门审批的企业需要进口货物清单；③有关进口货物的合同或发票；④海关核发的《外商直接投资公司企业文化资产登记手册》；⑤其他因素有关研究材料。

(二)经主管海关审核，列入项目主管部门批准的清单的企业进口货物清单和符合国家对外商投资企业减免税优惠政策的进口货物清单，由主管海关依照有关规定签发两份进口货物免税证明书和免税意见书后，保留第一份副本，其余副本交入境海关办理关口手续。